Die Generalsynode hat u.a. die Aufgabe, den Leitenden Bischof sowie die Kirchenleitung zu wählen. Sie entscheidet über den Haushalt der VELKD und über die Schwerpunkte der Arbeit.
Die Kirchenleitung lenkt die Geschicke der VELKD zwischen der einmal jährlich tagenden Generalsynode. Sie legt der Generalsynode zu jeder Tagung einen Tätigkeitsbericht vor.
Die Bischofskonferenz tritt zweimal im Jahr zusammen. Ihre Aufgabe ist es unter anderem, bei der Beschlussfassung über Kirchengesetze, über Ordnungen für den Gottesdienst und über Verordnungen mit Gesetzeskraft mitzuwirken. Darüber hinaus hat sie Teil an den Aufgaben, wie sie Artikel 7 (1-3) der Verfassung der VELKD für die Vereinigte Kirche definiert: "die Einheit der Vereinigten Kirche zu fördern"; "für die Erhaltung und Vertiefung der lutherischen Lehre und Sakramentsverwaltung durch Pflege lutherischer Theologie und durch Beratung der Gliedkirchen in Fragen der lutherischen Lehre, des Gottesdienstes und des Gemeindelebens Sorge zu tragen und die Herausbildung eines bekenntnisgebundenen Pfarrerstandes zu fördern"; "sich darum zu bemühen, dass die lutherische Kirche zu den Fragen und Aufgaben der Zeit in Wort und Tat die rechte, von Schrift und Bekenntnis geforderte Stellung nimmt".
Innerhalb der VELKD hat der Leitende Bischof eine hervorgehobene Position. Durch die Verfassung ist er mit eigenen Rechten ausgestattet. Er leitet die Sitzungen der Kirchenleitung und der Bischofskonferenz. Er vertritt die VELKD nach außen, hat das Recht, auf jeder Kanzel in den Gliedkirchen zu predigen. Er kann eigene Stellungnahmen herausgeben, z.B. „Hirtenbriefe“.