Das dynamische Kirchenverständnis der lutherischen Kirche bringt es mit sich, dass es innerhalb der lutherischen Kirchen keine allgemein verbindliche Organisationsstruktur gibt. Vielmehr hat sich die Organisation am Auftrag der öffentlichen Verkündigung auszurichten. In der Regel sind lutherische Kirchen heute bischöflich und synodal verfasst. Leitende Geistliche sind zumeist Bischöfinnen oder Bischöfe. Gesetzgebende Organe sind Synoden („Kirchenparlamente“). Daneben kann es weitere kirchenleitende Gremien geben. Wichtige Beschlüsse, vor allem, wenn sie die Lehre betreffen, sind in lutherischen Kirchen in „großer Übereinstimmung“ (latein: magnus consensus) der kirchenleitenden Gremien zu fassen.